Op 25 mei 1992 heeft de gemeenteraad de vlag van de gemeente Zuidhorn vastgesteld. Bij het tot stand komen van de de vormgeving van de gemeentevlag heeft de gemeente gebruik gemaakt van de kennis van de Stichting voor Banistiek en Heraldiek te Tietjerk. Tevens is gebruik gemaakt van historische aanknopingspunten. Met deze uitgangspunten in gedachten zijn de volgende elementen in aanmerking genomen.

De geschiedenis
De gemeente heeft een historische band in het Westerkwartier met de delen Middag, Vredewold, Langewold en Humsterland. Daarbij was Humsterland een van de belangrijkste landschappen bij de (Friese) bevolking, woonachtig ten oosten van de Lauwers. De Proost van Humsterland had de feitelijke macht over het gehele Westerkwartier (waarin 30 kerkdorpen). De middeleeuwse belangrijkheid van Humsterland blijkt vooral uit de levensbeschrijving van de eerste Nederlandse Christenprediker Liudger, de Voltooier (742-809), die als opvolger van Bonifatius opdracht kreeg van Karel de Grote om (vanuit noordelijk Friesland) "de Lauwers over te trekken en te gaan werken in Humsterland". De toonaangevende positie van Humsterland blijkt ook uit het feit van de bijzondere codificatie voor Karel de Grote van de zogenaamde Humsterlander Keuren. Juist daarin wordt opnieuw met nadruk een verbinding vastgelegd met de vorengenoemde prediker. In de 14de paragraaf van de keuren is bepaald dat als de rechters willen optreden tegen lieden die zich tegen hen verzetten en tegen de handhaving van het recht, zij bij gelegenheid van hun "uitspraak" Sint Liudgers vlag als teken van goddelijk gezag ter hand moeten nemen. Dit is zelfs de oudste bron (voor het gehele noorden) waarin het hanteren, ja zelfs het bestaan, van een vlag wordt gedocumenteerd. De prediker Liudger wordt vanouds gekarakteriseerd in tekst en afbeeldingen door de uitbeelding van één of meer ganzen. Een legende vertelt dat boeren (reeds) in de 9de eeuw een beroep deden op de prediker om hen te bevrijden van de voor hun akkers en weilanden funeste plaag van overwinterende ganzen. Volgens overlevering slaagde hij erin de ganzen te verdrijven. Sedertdien gelden Liudgers gevleugelde "begeleiders" als waarborg en symbool voor een betere toekomst, ontwikkeling en energieke aanpak van ondernomen activiteiten.

De gemeentelijke herindeling
De gemeente is een eenheid geworden van 4 oorspronkelijke gemeenten. De gemeentelijke herindeling wordt gesymboliseerd door 4 kleinere uitbeeldingen op de achtergrond en een grotere witte uitbeelding op de voorgrond.

De kleuren van de huisstijl
De kleuren van de huisstijl (blauw/groen) zijn zoveel mogelijk gevolgd. Teruggrijpend naar de hiervoor genoemde elementen van lokale historie is gekozen voor een beeld van dynamisch vliegende vogels (ganzen), die energiek opvliegend een goede, nieuwe toekomst tegemoet gaan. Zoals de keuze voor een combinatie van groen en blauw "hedendaags" (en niet antiek-heraldisch) genoemd kan worden, is ook het vogelembleem "hedendaags" (en niet naturalistisch) gestileerd uitgevoerd. Bovendien kon op deze wijze juist in het 1250ste herdenkingsjaar van Liudgers geboorte de gemeente Zuidhorn een gemeentevlag instellen, die symbolisch nieuwe perspectieven aankondigt, zoals in Liudgers tijden (bij het betreden van Humsterland) nieuwe culturele perspectieven voor het Groningerland werden geopend.

De beschrijving van de vlag luidt: "een blauwe vlag met op het midden van elk kwartier een gestileerde in de zin van de vlag naar de vluchtzijde vliegende groene vogel (hoogte = 1/4 vlaghoogte, lengte = ca. 5/8 vlaghoogte) en over alles heen op het midden van de vlag een gelijkvormige witte vogel (hoogte = 1/2 vlaghoogte, lengte = ca. 5/4 vlaghoogte)".