Pieterzijl ligt aan het gegraven kanaaltje Zijldiep dat in verbinding staat met het riviertje De Lauwers. Waar nu de brug over het Zijldiep is bouwden monniken uit het Gerkesklooster een zeesluis die ze noemden naar Sint Petrus. Vandaar de naam Pieterzijl.

Fries verleden
Het dorp heeft een Fries verleden en heeft lange tijd bij Friesland gehoord. In 1637 werd het samen met Visvliet overgedragen aan Stad en Lande van Groningen.

Pieterzijl is lange tijd het centrum geweest van een Doopsgezinde gemeenschap. Deze gemeenschap bouwde in 1814 een eigen kerk, even ten westen van de brug. De predikanten woonden echter liever in Grijpskerk. In 1890 werd besloten dat de pastorie in Grijpskerk zou komen te staan. Uiteindelijk besloten de gemeenteleden ook de kerk te verplaatsen naar Grijpskerk. In maart 1892 begon men met de sloop van het gebouw te Pieterzijl en in november van datzelfde jaar is de kerk in Grijpskerk herbouwd in de achtertuin van de pastorie aan de Herestraat 18 in Grijpskerk.

't Piepke
‘t Piepke is een gemetseld welfbruggetje uit 1805 dat in een document uit 1815 pijpje of piepke wordt genoemd. Dit bruggetje heeft veel historische waarde.